De prestatieafspraken van de staatssecretaris brengen veel bureaucratie met zich mee omdat er gedetailleerde voorstellen vooraf en uitgebreide proces en verantwoordingsrapporten achteraf opgesteld moeten worden. Schouten: ,,Deze bureaucratie gaat ten koste van geld en menskracht, dat je niet in rapporten, maar in onderwijs wil steken. Kleine en middelgrote HBO instellingen hebben hier relatief meer last van, omdat zij minder middelen hebben, maar evenveel verantwoording moeten afleggen. Ook moet men meer moeite doen om in aanmerking te komen voor een deel van de prestatiebekostiging. Zo straf je kleinschaligheid af."

De ChristenUnie is kritisch op de kabinetsplannen voor het Hoger Onderwijs. Het invoeren van prestatiebekostiging en het instellen van een Reviewcommissie, een soort van regieorgaan tussen het ministerie en het onderwijsveld in, leidt tot bureaucratie en tast de autonomie van de instellingen aan.